东江源区位于武夷山南段余脉与南岭东段余脉交错地带，的士明显呈北高南低，东西岭谷相间格局。在南北方向上，北部余脉蜿蜒，向南倾斜；在东西方向上，可明显分为三岭两谷格局，其中三个南北向山岭海拔高度要高于北部东江和赣江分水岭高度，东岭属武夷山余脉，主要山峰有项山甑、乱罗嶂，中领山峰主要有桠髻钵山、基隆嶂、梅子山、十二排，西岭山峰主要有九龙嶂、登高岽，两谷分别为寻乌水和定南水谷地。是一个以山地、丘陵为主的地区，地貌可概称“八山半水一分田，半分道路和庄园”。

东江源区属典型的中亚热带南缘湿润季风气候，具有热量丰富、雨量充沛、阳光充足、四季分明的特点。常年平均气温18.8℃，极端最高气温为38.6℃，极端最低气温为—7.9℃，大于10℃积温为5678—5957℃，年均日照时数为1690—1736小时，无霜期280—298天。降雨量1526—1700mm，降水集中，且强度大，年际及月际变化大。

  源区内植被类型属我国东南部原生态常绿林、针叶林、针阔混交林及落叶阔叶林，是我国中亚热带向南亚热带植物区系过渡地带。常绿阔叶类型是本地区的顶级群落。演替的发展次序是：竹林、落叶阔叶林、人工针叶林、常绿阔叶林、针阔混交林、灌木矮林、高山草甸。

 源区内野生脊椎动物种类也较多，主要有穿山甲、野牛、竹鸡、鹧鸪等98科387种。

东江源村的房屋依山而建